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植物主要是通過氣孔釋放二氧化碳，還可以通過植物的根的細胞釋放二氧化碳。這也是要松土的原因，松土主要就是幫助植物根細胞呼吸。

同樣的道理，在沒有葉子的情況下，植物主要是靠根細胞直接與外界行氣體交換的，將氧氣吸，二氧化碳排出。
但是在殊情況下（比如植物根被水淹沒），植物的根就只能行無氧呼吸了，因為根細胞不能從水中吸氧氣。而需要說明的是，無氧呼吸會產生酒，酒是對植物有毒害作用的，容易導致爛根，所以般植物不能長時間的浸沒在水中，當然，水生植物除外。